На защитной плёнке обычно указывают, какая сторона должна быть наружу. Когда я монтировал свою теплицу - наружная сторона была покрыта голубой плёнкой, внутренняя - серой, лист был закручен серой плёнкой внутрь.

На Вашем месте я бы спросил у того, кто Вам этот поликарбонат продал - он должен знать ответ применительно именно к своему товару.

В чём именно разница - я не знаю, но раз пишут - значит, технология производства поликарбоната придаёт двум его сторонам различные свойства. Alex Mishin